Ngày 28 tháng 5 năm 1981, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Tả Ngảo (trừ thôn Tả Trang sáp nhập vào xã Quang Kim) vào xã Bản Qua.[3]

Ngày 28 tháng 5 năm 1994, thành lập thị trấn Bát Xát trên cơ sở toàn bộ 149 ha diện tích tự nhiên với 2.495 người thuộc 4 thôn: Lá Nuộc, Đông Phón, Đông Thái, Bản Lợi của xã Bản Qua.[4]

Đến năm 2019, xã Bản Qua có diện tích 53,54 km2, dân số là 5.879 người, mật độ dân số đạt 110 người/km2.

Ngày 11 tháng 2 năm 2020, điều chỉnh 11,90 km2 diện tích tự nhiên và 1.923 người thuộc 5 thôn: Bản Trung, Châu Giàng, Bản Náng, Làng Mới của xã Bản Qua vào thị trấn Bát Xát.[1]

Sau khi điều chỉnh, xã Bản Qua có diện tích 41,64 km2, dân số là 3.956 người.